Nenoliedzami, universitāte ir tīrs viduslaiku Rietumeiropas civilizācijas produkts, kaut arī zināmā mērā kas līdzīgs bija pirms tam pastāvējušajās mācību iestādēs: Platona Akadēmijā (IV gs.p.m.ē.), Beirutas tiesību skolā (III-VI gs.), Gondišapuras Akadēmija (VI gs.), Konstantinopoles augstākā skola (V-XV gs.), kuru organizācijā un atsevišķu kursu programmās var saskatīt nosacītu līdzību Rietumeiropas viduslaiku universitātēm. Piemēram, Beirutā pastāvēja obligātais 5 gadu mācību kurss, sadalīts ciklos, Konstantinopolē vienuviet bija savākti labākie gramatikas, retorikas, filosofijas un tiesību skolotāji. Protams, viduslaikos ar jēdzienu "universitāte" saprata pavisam ko citu, nekā mūsdienās.
Termins "universitas" nozīmēja nevis apmācības universalitāti, bet organizāciju (paralēli "corpus" vai "collegium"). Šīs apvienības ietvēra ļaudis ar kopīgām interesēm un tiesisko statusu. Pat pilsētas tika dēvētas par universitātēm (universitas civium), ģildes, cehi. Un arī tas, ko šodien pieņemts dēvēt par "universitātēm", bija visai amorfi veidojumi: Boloņā, Padujā, Monpeljē faktiski pastāvēja paralēli vairāki šādi mācību centri, kas sevi uzskatīja par vienas "universitas" sastāvdaļām. Tikai XIV-XV gs. universitātes kā akadēmiskas mācību iestādes nodalījās no skolām (studium), kuras iedalījās:
* generale, t.i. nevis lokāli orientētas, bet domātas visiem, kam, pateicoties iegūtajam zinātniskajam grādam, bija tiesības pasniegt it visur kristīgajā pasaulē (facultas docendi ubique terrarum);
* studium universale;
* studium commune;
* studium solempne, t.i. parastās.
Tās savukārt iedalījās:
Klosteru skolās:
- iekšējās skolas noviciātam;
- ārējās skolas bruņniecības un pilsonības bērniem;
Katedrāļu skolās:
- priesteru sagatavošanai;
- lajiem.
Baznīcu skolās, kuras uzturēja vietējā baznīca.
Ārējo klosteru un katedrāļu skolu kā arī baznīcu skolu audzēkņi bija 7-15 gadus veci zēni, kuri apguva lasīt un rakstīt prasmi, rēķināšanu un liturģisko dziedāšanu.

Tikai XIV gs. nostiprinās kopīgs apzīmējums: universitas scolarium et magistrorum. Uz šo laiku bija izkristalizējusies arī universitātes kā augstākās mācību iestādes koncepcija, universitātes bija ieguvušas virkni tiesību un privilēģiju:
- studēt ne tikai septiņas brīvās mākslas (septem artes liberales), bet arī tiesības (civil- un kanoniskās), teoloģiju, medicīnu, ko īstenoja 4 fakultātēs: jaunākajā jeb sagatavošanas (septiņas brīvās mākslas) un vecākajās (medicīnas, juridiskajā un teoloģiskajā;
- tiesības uz daļu Baznīcas benefīciju;
- ieguvušam zinātnisko grādu vienā skolā, tiesības pasniegt jebkurā citā universitātē bez papildus eksāmeniem (ius ubique docendi);
- pasniedzēju tiesības izvēlēties, ja tāda situācija rodas, starp Baznīcas tiesu un laicīgo tiesu;
- tiesības pieņemt savus statūtus, izdot iekšējās kārtības noteikumus, rīkojumus, noteikt mācībspēku atalgojumu, apmācības metodes un paņēmienus, disciplinārās normas, eksāmenu kārtību u.tt. Bija arī citas, lokālas privilēģijas katrai universitātei atsevišķi.
Vispārpieņemts kļuva arī apzīmējums studentes, kā dēvēja ne tikai skolniekus universitātēs, bet visus, kas "studē", t.i. velta sevi zinātnei - gan studentus, gan pasniedzējus. Tā izveidojās universitāte kā "zinātņu ģilde" kas, līdzīgi kā amatnieku vai tirgotāju ģildes, centās nostiprināt savu korporativitāti, t.i. augstākās varas apstiprinātas tiesības uz kopīpašumu, vēlētām amatpersonām, pašu sastādītiem statūtiem, zīmogu, korporatīvo tiesu. Cīņa par to visu ilga gadu desmitus, ja ne gadsimtus.

Mācību metodikā nostiprinājās trīs pamatstili:
1) Lectio - statūtos apstiprinātas programmas pilnīgs un sistemātisks izklāsts, kam paredzēts noteikts laiks ik dienu. Lekcijas tika iedalītas ordinārajās (obligātajās) un ekstraordinārajās (papildu), jo lieta tāda, ka viduslaikos studenti neklausījās kādas konkrētas zinātnes kursu (piemēram, filosofijas vai romiešu tiesību kurss), bet gan lekcijas par konkrētu grāmatu. Vienas grāmatas tika uzskatītas par priekš studenta svarīgākām un obligātām (ordinārām), bet citas - par ne tik nozīmīgām (ekstraordinārām). Atšķirības lekcijās noteica arī mācībspēku dalījumu ordinārajos un ekstraordinārajos. Ordinārie lekcijas lasīja no rīta (no saullēkta līdz aptuveni 9:00), jo tad studenti vēl ir mundri un atvērti, savukārt ekstraordinārie pasniedzēji lekcijas lasīja pievakarē (no 18:00 līdz 22:00). Lekcija ilga 1-2 stundas. Pirms katras lekcijas pasniedzējs nolasīja īsu ievadu, kurā iepazīstināja ar aplūkojamo darbu, veidu, kā tas tiks aplūkots un, protams, paslavēja sevi kā izcilu speciālistu šajā tēmā. Pamatuzdevums bija salīdzināt dažādus teksta variantus, izskaidrot. Studenti nedrīkstēja pārjautāt vai pieprasīt palēnināt stāstījumu. Katram klausītājam vajadzēja uz lekciju ierasties ar savu grāmatas eksemplāru, lai varētu ar tās saturu iepazīties nepastarpināti (grāmatas bija dārgas, tāpēc ļoti izplatīta bija grāmatu īre). Jau XIII gs. universitātēs sāka veidot rokrakstu bibliotēkas, kopēt manuskriptus, veidot paraugtekstus kā mācību materiālu. Auditorijas mūsdienu izpratnē vēl ilgi nebija - katrs pasniedzējs lasīja lekciju savai studentu grupai jebkurā tam noīrētā telpā vai pat savā dzīvoklī. T.i. bieži vien universitātes bija cilvēku kopums, nepiesaistītas konkrētām ēkām vai ēku kompleksam. Piemēram, Parīzē studenti un mācībspēki pulcējās Salmu ielā (rue Fuar), kuras nosaukums cēlies no salmu ķīpām, uz kurām sēdējuši studenti lekciju laikā. Boloņas universitāte bija pirmā, kas lekcijām sāka iekārtot īpaši tam paredzētas telpas, bet kopš XIV gs. pilsētas sāka būvēt sabiedriskas celtnes, kur izvietot mācību telpas. Tad arī parādījās garie soli, paredzēti līdz 20 klausītājiem, kā arī uz paaugstinājuma esoša katedra zem baldahīna.
2) Repetitio - skrupuloza konkrēta teksta aplūkošana no dažādiem viedokļiem, ņemot vērā visas iespējamās šaubas un iebildumus. Piemēram, Parīzes universitātē uzsvars tika likts uz visu tēmu skarošo avotu pārbaudi un to komentāru salīdzināšanu. Vācu universitātēs to relizēja kā pasniedzēja un studenta dialogu: pasniedzējs uzdeva jautājumus un pēc atbildēm sprieda par studenta zināšanu līmeni. Kā papildus forma bija spilgtāko izlasītā fragmentu analīzes atkārtošana un pat iemācīšanās no galvas.
3) Disputatio - viens no izplatitākajiem mācīšanās veidiem, kam tika piešķirta liela nozīme. Tieši disputos tika apgūtas prasmes uzstāties, noformulēt savu domu, pamanīt pretrunas oponentu teiktajā, argumentēti aizstāvēt savu domu. Vispopulārākā te bija Abelāra piedāvātā metode pro et contra (par un pret), sic et non (jā un nē). Reizi divās nedēļās kāds no maģistriem uzstājās ar referātu par kādu pēc iespējas plašāku tēmu, kur noslēgumā nosauca tēzes un jautājumus, kam jākalpo par pamatu disputam, bet pēc tam turpmākās dienas studenti tam iesniedza savus viedokļus par un pret. Viens no interesantākajiem un populārākajiem disputiem bijis jaunākajā (sagatavošanas) fakultātē "par jebko" (disputatio de quodlibet). Tēmas bijušas visdažādākās, piemēram: pierādīt vai apgāzt Aristoteļa siloģismu "Visi cilvēki ir dzīvnieki. Sokrats ir cilvēks. Tātad Sokrats ir dzīvnieks"; vai var, pamatojoties uz Svētajiem Rakstiem, sastādīt sprediķi, kas aicinātu atcelt laicīgo varu?; vai divkauja vai turnīrs atbilst kanoniskajām tiesībām; vai vienā telpas punktā vienlaicīgi var būt vairāk par vienu eņģeli u.tml. Bija arī ne tik nopietnas tēmas (gan mulsinošas no mūsdienu morāles viedokļa), piemēram, par mīļākās uzticību priesterim (visai nopietni tika analizēta situācija: priesteris naktī ciemojas pie maiznieka meitas, taču spiests bēgt pa logu un paslēpties cūku kūtī kur, uz ienākušā maiznieka jautājumu "kas te ir?", atbildējis: "neviens, izņemot mūs"). Apzināti tika izkopts disputu stils: pamazām tika izskausts kategorisms apgalvojumos, rupjības, kliegšana, oponenta apvainošana (protams, gana bieži bija gadījumi, kad zinātņu vīri tā iekarsa, ka aizmirsās akadēmiskā cieņa un tas, ka loģika ir zinātniskāks arguments par tintes pudeli vai dūri).

Noklausījies visu mācību kursu, students kārtoja gala pārbaudījumu eksāmenu, kuru pieņēma maģistru grupa dekāna vadībā. Studentam nācās pierādīt, ka lasījis visas ordinārās un iepazinies ar neordinārajām grāmatām, piedalījies disputos (minimālais skaits bija seši: 3 pie sava maģistra, 3 universitātes mēroga), atspēkoja šaubas par centību un tikumību. Tad nāca lielais publiskais disputs, kurā nācās atbildēt uz pilnīgi visiem jautājumiem. Ja visas krustuguinis tika izturētas, absolvents saņēma pirmo bakalaura pakāpi. Tad divus gadus tam nācās asistēt maģistram, lai saņemtu "tiesības mācīt" (licentio docendi) un kļūtu par "licenciātu". Vēl pēc pusgada cītīga darba censonis kļuva par maģistru, universitātes aula teica svinīgu runu bakalauriem un maģistriem, zvērēja akadēmisko zvērestu. Kad formalitātes bija nokārtotas un rituāli izpildīti, jaunizceptajam maģistram nācās uzsaukt krogu visam universitātes mācībspēku kolektīvam. Ar to sūrais mācību ceļš bija beidzies un tālākais dzīves ceļš nu bija vairs atkarīgs no paša vēlmēm, interesēm un centības.