brookings - cita profesija, citi hobiji [entries|archive|friends|userinfo]
brookings

[ userinfo | sc userinfo ]
[ archive | journal archive ]

cita profesija, citi hobiji [May. 8th, 2021|02:57 pm]
Previous Entry Add to Memories Tell A Friend Next Entry
okay - not time to rakstiit latviski - this is for those uneducated few who have sufficient ego to ask what seem normal questions.

I now know what cycle thresholds are being used (approx) for PCR tests for SARS-Cov-2 in Latvia. I had to go to some lengths. When I have got time, I will write about it in shitty Latvian with all the arrogant conclusions of a horrible person.

In the meantime, here is a link to the CDC requirements for investigating potential positive tests of vaccinated people in the US: https://www.cdc.gov/vaccines/covid-19/downloads/Information-for-laboratories-COVID-vaccine-breakthrough-case-investigation.pdf


And here is the relevant sentence:

Clinical specimens for sequencing should have an RT-PCR Ct value ≤28.

Which means that those over 28 aren't considered sufficiently reliable, presumably.

What do you reckon they are using here in LV?
linkpost comment

Comments:
[User Picture]
From:[info]traffico
Date:May 8th, 2021 - 03:12 pm
(Link)
Bet par šu runa jau ir sen. Ja paraugu spīdzina gana daudz, tad tikt pie pozitīva rezultāta iespēja ir lielāka.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 11:12 am
(Link)
Jā bet nebiju zinājis to, ko viņi izmanto šeit. Un joprojam nezinu par daudzām labatorijām - Tikai par vienu valsts institūtu.
[User Picture]
From:[info]mapats
Date:May 8th, 2021 - 03:38 pm
(Link)
Kautkur bija cipars 40 šajā sakarā.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 11:13 am
(Link)
45 - +ve ja CT<40 diviem gēniem
[User Picture]
From:[info]begemots
Date:May 8th, 2021 - 03:46 pm
(Link)
I don't know what is the actual lab test usage, but judging by the first link that I found when entering "RT-PCR Ct vērtības", the recommendations as of December 2020 were:

1) RT-PCR Ct values appear to show the infectiousness of patient during the first 9 days of symptoms. After the 9 days, the Ct test *can't be used to determine anything much*.

2) The values for Ct as per recommendation are:

<20 Ļoti infekciozs pacients, vīrusa koncentrācija organismā augsta
21-25 Vidēji infekciozs pacients
25-30 Zema iespēja inficēt kontaktpersonas
>30 Pacients, visticamāk, nav infekciozs

Source appears to be Mikus Gavars, Didzis Gavars (E.Gulbja laboratorija); Uga Dumpis, Aija Vilde (P.Stradiņa KUS), but the site where I found this: http://idready.lv/ (apparently 'infectious disease ready') is interesting by itself as it appears to be an unnamed site linked to Stradina hospital (judging by the materials found there) providing easy access materials targeted at medical professionals.

[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 11:39 am
(Link)
45 - +ve ja CT<40 diviem gēniem.
[User Picture]
From:[info]dzeltens
Date:May 8th, 2021 - 03:56 pm
(Link)
https://likumi.lv/ta/id/291539-grozijumi-ministru-kabineta-2002-gada-19-marta-noteikumos-nr-127-epizootiju-uzliesmojuma-un-draudu-noversanas-kartiba
Izlasot šo un neko nesaprotot, es teiktu, ka, saskaņā ar outdated 2017.gada pētījumiem, joprojām tiek lietoti 36 vai 40 cikli. Am I right?
[User Picture]
From:[info]dzeltens
Date:May 8th, 2021 - 03:59 pm
(Link)
Nu, tas ir, es saprotu, ka tie noteikumi neattiecas uz Covid, bet pieņemu, ka veids kā testē ar tiem PCR testiem baigi neatšķiras, vai meklē Āfrikas zirgu mēri, vai Covid-19.
Kā noskaidroji un cik cikli tiek lietoti īstenībā?
From:[info]formica
Date:May 8th, 2021 - 08:53 pm
(Link)
"This test cannot rule out diseases caused by other bacterial or viral pathogens.”

And the FDA admits that:

positive results […] do not rule out bacterial infection or co-infection with other viruses. The agent detected may not be the definite cause of disease.”" https://www.fda.gov/media/134922/download

https://off-guardian.org/2020/06/27/covid19-pcr-tests-are-scientifically-meaningless/

From:[info]formica
Date:May 8th, 2021 - 04:09 pm
(Link)
Piemeeram, DeSantis pieprasiija laboratorijaam publiskot Ct.
Paareejiem laikam ir kaut kas sleepjams.

On December 3, in a joint statement, DeSantis and Florida Surgeon General Scott A. Rivkees announced that labs must report the cycle threshold (Ct) and reference ranges on every single test.

This is important because the higher the Ct, the less likely a person who tests positive will actually become ill or be contagious. In August, a New York Times feature article reported that up to 90% of tests taken in New York, Nevada, and Massachusetts were essentially false positives. (C)
[User Picture]
From:[info]chaj
Date:May 8th, 2021 - 07:29 pm
(Link)
Es nezinu amplifikācijas cikla skaitu, ko izmanto Latvijā SARS-CoV-2 vīrusa gēnu noteikšanai. Un tam nav nozīmes, manuprāt. Jo pie vīrusa klātbūtnes nulle, neko nav iespējams uzburt. Savukārt amplifikācijas cikla skaits kalpo tikai kā palielināmais stikls. Kurā mirklī cilvēks saslimst, pie 100 nosacītām vīrusa vienībām vai 100 000, atkarīgs no neskaitāmiem faktoriem. Identificē jau gadījumus, ne saslimušos.
Ja mērķis ir izsekot vīrusa izplatību - kaut 100 apmlifikācijas cikli.

Bet, galvenais "pandēmijas rādītājs" ir mirstības palielināšanās. Un to gan grūti apstrīdēt. Tev tur agrāk postos grafikos pat uz aci ir redzams, lai gan nav pārrēķināts uz populācijas lielumu (LV sarūk cilvēku skaits, ~ 15 000 gadā, btw). Es, savukārt, esmu rēķinājusi. Mirstība pieaug krietni jau 50+ vecumā. Tas ir satraucoši.

Un te varbūt pat labi, ka tiek rūpīgāk izsekots tas covid-19 inficēšanās ceļš.
Bet varbūt arī nē, citu starpā.
[User Picture]
From:[info]dzeltens
Date:May 8th, 2021 - 08:30 pm
(Link)
Tam ir nozīme testa specifikas dēļ. Tas nav tik viennozīmīgs tests kā, piemēram, antivielu testi, kur vai nu ir antivielas vai nav. Tiem arī mēdz būt visādas krusteniskās reakcijas ar nezin ko, bet ārsti saprot, kā tos interpretēt vai nozīmē papildus izmeklējumus. PCR tests ķer kaut kādas polimēru ķēdes, kam var būt un var nebūt saistība ar konkrēto vīrusu. Tāpēc testa rezultātu var ietekmēt amplifikāciju skaits un covid skeptiķi spekulē, ka pat 90% covid pcr testu ir false positive. Savukārt pēc vakcinēšanas visus sāks testēt ar mazāku amplifikāciju skaitu, un - voila - vakcīnas strādā, visi kumulatīvie šmumulatīvie krīt rūkdami.
Es nesaku, ka tā ir vai ka pati tam visam ticu, bet izklausās pēc lieliska Big Pharma biznesplāna.
Par vīrusa izsekošanas lietderību - ja sausais atlikums ir tāds, kā mēs redzam - aizvien bezjēdzīgāki ierobežojumi, slēgtas skolas, dēļ vīrusa, kas skolas vecuma bērniem vispār nav bīstams, tad paldies par kūkām, nevajag mums tādu izplatības izsekošanu.

[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 11:39 am
(Link)
Es ļoti ceru, ka tas ir tikai biznesplāna.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 11:36 am
(Link)
Jā varbūt - es nezinu. Es tiešam cenšos saprast šo visu. Piemēram nesen lasīju šo no "Public Health Ontario". Viņiem ir šis secinājums par augstiem CT ... err, thresholdiem:

"This suggests that a high Ct positive result is more likely to be false positive when observed in an asymptomatic patient with no epidemiological links to cases during low community prevalence of disease. However, it is difficult to know exactly which patients among this subgroup are true positive versus false positive, as we know that not all true positive high Ct positive specimens are repeat positive when retested on the same or a
different platform."

Ta tad, es domāju,ka amplifikācijas cikla skaits it svarīgs - it īpaši, kad nemsim verā, ka resultāti tiek izmantoti, lai izlemtu par ierobežojumiem utt. Un turklāt, kad "The COVID-19 pandemic has led to large scale testing of asymptomatic persons with low pretest probability, a practice not previously employed for any respiratory viral pathogen." [https://www.publichealthontario.ca/-/media/documents/ncov/main/2020/09/cycle-threshold-values-sars-cov2-pcr.pdf?la=en]

Par visu-iemeslu mirstību, es pilnīgi tev piekrītu. Es tikai neredzu tieši to, ko tu redzi manos grafikos. Es redzu, ka mirtstība auga nesen tikai vecākiem cilvēkiem (75+). Tagad situācija ir uzlabojusies (nu pēdējo reizi, kad pārbaudiju). Par populācijas lielumu, jā atkāl piekritu. 2010 bija 2,118,855 un 2020 bija 1,886,202.
Bet, mauprāt ir jāņem verā, ka 2010 bija mazāk cilvēku, kuri bija 75+ (7.6% no 2,118,855 = 161,032). 2020 g. bija 10.4% no 1,886,202 = 196,165. [es tikko šo info atradu - vajag pārbaudīt]

Man liekās, ka vajag ņemt šo verā, kad izdarām secinājumus par visu-iemēslu mirstību cilvēkiem 75+. Proti ir vairāk tagad vecu cilvēku.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 02:00 pm
(Link)
upd, situācija vienā valsts laboratorijā ir šādi: the second test (of retested high Ct-values positives is positive in 70-80% of cases.

That's an approx 25% chance of a FP after one test.

They redo it again before sending out the results, so by my reckoning there is a 25% of 25% chance of a high Ct-value FP getting through both checks, which is 6,25% - which is a massive number.

Maybe it is less than 25% of 25%, but we would only know that if they did three tests (so there might be a 90% chance of a positive test on the third retest of a positive high-Ct test). I don't have that info.

Still, based on this I believe that Ct-thresholds clearly have hugely important significance.

[User Picture]
From:[info]dzeltens
Date:May 18th, 2021 - 09:13 am
(Link)
Vai esi rēķinājis, vai Latvijas (un Eiropas) novecošana, tas, ka vecāku cilvēku kļūst aizvien vairāk, nosedz vai nenosedz all case mortality pieaugumu?
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 18th, 2021 - 10:04 am
(Link)
Tas ir ļoti interesants jautājums. Iespejams, ka kādi zinatnieki ir jau saņemuši naudu, lai to petītu.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 04:23 pm
(Link)
Just one more thing. You wrote "Identificē jau gadījumus, ne saslimušos."

Could you tell SPKC this, because on their Twitter they wrote today "Latvijā ar Covid-19 kopumā saslimis 124 301 cilvēks"?

It would be very interesting to know how many of these 124,301 positive tests were high Ct. Today's 'Pozitīvo gadījumu īpatsvars pret testētajiem: 5.9%'.

If 20-30% positive tests failed to show a positive on the second analysis, then as I wrote earlier, a negative test stands a 6.25% of being positive on two runs. That 5.9% looks very dodgy to me.
[User Picture]
From:[info]chaj
Date:May 10th, 2021 - 04:55 pm
(Link)
SPKC to noteikti zin. Un, kā man likās, jau visai sabiedrībai tas ir zināms, ka iet runa par "inficēšanās gadījumiem" nevis saslimušiem.
Ir vajadzība un nepieciešamība izsekot tieši "inficēšanās gadījumus", pat "iespējamos pārnēsātājus". Nafig tie Ct? Vēža skrīninga gadījumā arī ieteiktu visiem biopsiju veikt? Daudz precīzāk, nekā parasta mamogrāfija vai kaku tests.

Runājot par mirstību - pretēji Tavām bažām, ka identificē par daudz gadījumu, pieraksta covid nāvi cilvēkiem, kas miruši no citiem iemesliem, situācija ir tieši pretēji. Ir daudz drūmāk, nekā statistika to uzrāda.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 06:04 pm
(Link)
Okay bet ja SKPC notekti to zin, tad kāpēc viņi raksta "saslimis"?
Es nesaprotu.

Par Ct, man liekas, ka ja pastav 20-30% iespēja, ka +ve test varētu būt -ve tad, kad paraugs tiek parbaudīts otrā reizē, tad es personīgi nerēdzu jēgas tam testām (ar augstu Ct). Īpaši ja tas tiek veikti intensivi un masveidā - no visiem neskatoties uz to vai viņiem ir simptomi vai nav.

Nespratu, ko tu gribēji teikt par 'nafig tie Ct'. Vienkārši domāju, ka tas ir nozimīgi, ka CDC tikai grib +ve paraugus ar Ct zem 28.

Kā ir tad situācija ar mirstību Latvijā? UKā notiek sādi: ja cilvēks nomira 28 dienu laikā pēc +ve testu, tad ir reģistrēta, kā Covid nāve. Vai tu apgalvo, ka vairāk cilvēki, kas it kā nomira no kaut kas cita, istenībā nomira no covid? Vai ir kāds pamatojums šim?
[User Picture]
From:[info]chaj
Date:May 10th, 2021 - 07:59 pm
(Link)
Nezinu, kadēļ SPKC raksta "saslimis', ja ir tikai inficējies.

"Vai tu apgalvo, ka vairāk cilvēki, kas it kā nomira no kaut kas cita, istenībā nomira no covid?" - es neapgalvoju, bet man ir pamats domāt, ka ļoti iespējams. Ka gan gadījumu, gan nāvju ir vairāk nekā statistika uzrāda.

Par testiem slinkums. Mērķis galvenais jau ir izsekot un kontrolēt slimības izplatību.

"ja cilvēks nomira 28 dienu laikā pēc +ve testu, tad ir reģistrēta, kā Covid nāve". Zviedrijā arī laikam pat ja transporta nagdījumā iet bojā, pie pozitīva testa raksta covid. Latvijā ir savādāk. Reģistrē gan nāvi no covid, gan covid min kā blakusslimību, ja nomiris no cita iemesla. Nāves sertifikātu aizpilda ārsts, kurš konstatējis nāvi.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 10th, 2021 - 10:19 pm
(Link)
Vai Latvijā tās Covid nāves (2,213) ir nāves no covid + ar covid (covid kā blakusslimiba)?
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:May 11th, 2021 - 02:28 pm
(Link)
Starp citu, es tiešam gribētu uzzināt kāds ir tavs pamats domāt, ka ir ļoti iespējams, ka Covid gaījumu un Covid nāvju ir vairāk nekā statiska uzrāda.