brookings - no time to check the latvian [entries|archive|friends|userinfo]
brookings

[ userinfo | sc userinfo ]
[ archive | journal archive ]

no time to check the latvian [Sep. 23rd, 2020|11:47 am]
Previous Entry Add to Memories Tell A Friend Next Entry
Vispār dzīve ir ļoti jauka. Vakar gāju skriet ar suni ap 7:30 no rīta. Kad atgriežos no mēža, viena sieviete, kura bija vēdusi savu bernu uz bernudarza, man pateica:

labrīt

Viņa, ko, tikko no anglijas?

Šorīt šoferis izkāpa no smagamašinas, lai spēlēt ar manu suni. Parunājām kādus 10 minutes, lielākoties, par to, kā nošaut dronus.

Bēt par angliju, un the worldview (the sacred is the world, we just have the worldview imposed), un par šo te 6 6 6, es izlēmu skatīties uz faktiem ...viens pats!

Rē, "6,732 new people tested positive for coronavirus (COVID-19) in England in between 20 August and 26 August."

+

"Testing capacity between 20 August and 26 August was at 2,695,786 tests per week, an increase of 18% since the previous week."

Tā tad: 6,732/2,695,786 = 0.25%.


Bet false positives ir aptuveni 1% (musu Vesēlības ministers pats apgalvoja), kas nozīme, ka .... es nezinu, ko tas nozīme. Vai tas nozīmē, ka lielākoties tiem, kuri ir positivus testu resultātus, istenībā nav šo covid? Bet ja false positivi ir 1%, tad būtu gaidījies, ka vajadzētu būt 26,975 + cases, nē?

Ko esmu nav sapratis?
linkpost comment

Comments:
[User Picture]
From:[info]chaj
Date:September 23rd, 2020 - 12:47 pm
(Link)
False positive 1% nozīmē to, ka starp 6,732 pozitīviem testiem varētu būt 67 cilvēkiem (1%) vīruss noteikts klūdaini.
Tam nav nekāda sakara ar to, cik daudz testu veikts.
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 23rd, 2020 - 01:06 pm
(Link)
Tas nav, kā parasti nosaka false positive rate. To parasti nosaka kā attiecību starp viltus negatīvajiem un kopējo negatīvo un viltus negatīvo kopskaita.

Droši vien, ka 1% viltus pozitīvo ir pārspīlējums. PĶR ir ļoti precīza, tas noteikti ir daudz precīzāks.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 23rd, 2020 - 01:20 pm
(Link)
es tagad cenšos saprast.

Gāju uz https://www.split.io/glossary/false-positive-rate/#:~:text=False%20positive%20rate%20(FPR)%20is,falsely%20rejecting%20the%20null%20hypothesis.

un lasīju, ka "The false positive rate is calculated as FP/FP+TN, where FP is the number of false positives and TN is the number of true negatives (FP+TN being the total number of negatives).

smadzenes kūp, bet vai tas nozīmē ka tie TN ir svarīgi, lai saprastu to FP?
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 23rd, 2020 - 01:30 pm
(Link)
Jā, ir. Dažreiz pieņem, ka TN = visi testētie, ja pozitīvo ir relatīvi maz.

Tā ka tavs aprēķins ir apmēram pareizs. Pie 1% false negatives mēs redzētu daudz lielāku it kā pozitīvo testu skaitu.

Bet par to 1% ir droši vien kāda žurnālista interpretācija, kas neko nezina par šīm statistikas niansēm. Varums mēdiju rakstu satur ļoti rupjas kļūdas.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 23rd, 2020 - 01:33 pm
(Link)
ok paldies. Nezinu par to, cik ir FP. Matt Hancock esot apgalvojis, ka "under 1%', kas varēt nozīmē.. nu who knows?
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 23rd, 2020 - 01:35 pm
(Link)
Es redzēju interviju, kur viņam uzdod jautājumus par skaitļiem attiecībā uz covid un viņš vispār nezina, ko atbildēt. Viņam vispār nav nekādas kvalifikācijas vadīt veselības ministriju.
From:[info]formica
Date:September 23rd, 2020 - 01:40 pm
(Link)
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 23rd, 2020 - 01:51 pm
(Link)
Es neesmu pārliecināts, ka tas to izskaidro.

Lielāks ciklu skaits palielina jutīgumu – kā pozitīvi tiks uzrādīti arī tie, kas varbūt jau sen ir izslimojuši, bet vēl ķermenī ir saglabājušās vīrusa DNS daļiņas. It kā tas arī skaitās viltus negatīvais, bet tad atkarīgs – cik tādu cilvēku ir. Vai arī varbūt paraugu piesārņošana – no kāda cita pozitīva pacienta vai pat inficēta darbinieka utt.

Bet pilnībā negatīvi testi, kuriem nekad nav bijis vīruss, paliks negatīvi.

Viltus negatīvi varētu rasties, ja praimeris piesaistās kādam citam, ne DNS fragmentam. Tas īpaši bieži nevarētu notikt, jo tehnoloģija ir ļoti precīza. Nu varbūt ja vienīgi pieļauj tehnoloģijas kļūdas, kā to sākumā izdarīja CDC.
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 23rd, 2020 - 01:51 pm
(Link)
..ne-vīrusa DNS fragmentam...
[User Picture]
From:[info]chaj
Date:September 23rd, 2020 - 02:31 pm
(Link)
Tie ir divi dažādi rādītāji - false positive un false positive rate. Es par pirmo, extranjero par otro. Pie Tevis minētiem cipariem false positive rate 1% nekādi nevar sasniegt, pat ja tests kļūdaini nosaka teju visiem (Tevis aprēķinātais 0.25%, ja pilnīgi visiem 6,732 tests ir false positive)

Tā kā domāju, ka iet runa par pirmo rādītāju un tiem ~ 67 cilvēkiem.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 23rd, 2020 - 02:56 pm
(Link)
Lai zinātu FPR, vai nav jāzina FP un TN?

Vispār es domāju, ka extranjero viedokļis laikam ir pareiz. FPR nozīmē to, ko viņš apgalvoja, bet FPR is mazāk nekā 1%
[User Picture]
From:[info]chaj
Date:September 23rd, 2020 - 03:23 pm
(Link)
Ir jāzina.
FP - nē.
Bet pat ja testa jutījums ir 99% (=1% FP), e saka, ka vēl jutīgāks tas PCR, tad pie tik masīva testu daudzuma FPR sanāk < 0.0025%. Jēga?
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 23rd, 2020 - 03:41 pm
(Link)
Ja esmu sapratis pareizi, tad ja FPR būtu, teiksim 0.1%, tad tas nozīmētu, ka 2,695 (no 2,695,786) būtu FP - ja pieņemsim, ka Extranjero ir pareizi sapratis to, ko nozīmē FPR.

Šinī gadījuma, taz nozīmētu, ka 40% no tiem, kuriem ir positīvs resultāts ir FP (2,695/6,732).
[User Picture]
From:[info]chaj
Date:September 23rd, 2020 - 03:49 pm
(Link)
Jā. Un savukāŗt tests, kur 40% ir FP ir absurds.
Tāpēc es domāju, ka tomēr iet runa par FP 1%.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 23rd, 2020 - 03:58 pm
(Link)
Bet ja teiksim 67,320 no 2,695,786 būtu positīvi (2.5%), tad FP būtu 2,695/67,320 kas ir 4% - proti 4% no PC (positive cases) būtu False.

Karoče, jo lielāki covid-19 infencēti populācījā, jo mazāk FP (kā %).
[User Picture]
From:[info]chaj
Date:September 23rd, 2020 - 04:00 pm
(Link)
karoče, ir rādītāji, kas attiecas tikai un vienīgi uz testa kvalitāti - jutīgums, specifiskums, Fp, Fn.
un ir čupa ar rādītājiem kuri atkarīgi no slimības izplatības un veikto testu daudzums.
katram sava jēga un intepretācija.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 23rd, 2020 - 04:09 pm
(Link)
okay paldies - kā pareizi nosaukt to 4% manā iepriekšējā komentārā (2,695/67,320)? Cik es saprotu 0.1% būtu FPR (?) un 2.5% ir PC (positive cases no visiem notestētiem cilvēkiem).

[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 24th, 2020 - 09:11 am
(Link)
False positive ir vienkārši situācija, ka ir viens tests, kas uzrādās kā pozitīvs, lai gan ir kļūdains. Vēl varētu teikt false positives šajā grupā bija 1%, bet tad to pieņem kā FPR. Ja kāds to domā ar savu ad hoc definīciju, tad tas ir jānorāda, kā viņš to aprēķina.

Šeit drīzāk izskatās, ka kāds ir samuldējies par 1% un pārējie tagad mēģina racionalizēt, ka viss ir pareizi, lai nebūtu jāsaka augstāk stāvošajam, ka viņš ir kļūdījies, un viņa vietā izdomāt šo rēķināšanas veidu, kas varētu aptuveni atbilst.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 24th, 2020 - 10:59 am
(Link)
Es protams nezinu, kas istenībā ir FPR (0.1 -1%?). Meklēju šo (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.26.20080911v1.full.pdf). Protams nezinu, cik tas it ticāms, bet viņi raksta šo:

"Methods:
From a meta-analysis of external quality assessments of RT-PCR assays of RNA viruses, we derived a
conservative estimate of the range of false positive rates that can reasonably be expected in SARS-CoV2 testing, and analyzed the effect of such rates on analyses of regional test data and estimates of
population prevalence and asymptomatic ratio.
Findings
Review of external quality assessments revealed false positive rates of 0-16.7%, with an interquartile
range of 0.8-4.0%. Such rates would have large impacts on test data when prevalence is low. Inclusion of
such rates significantly alters four published analyses of population prevalence and asymptomatic ratio.
Interpretation
The high false discovery rate that results, when prevalence is low, from false positive rates typical of RTPCR assays of RNA viruses raises questions about the usefulness of mass testing; and indicates that
across a broad range of likely prevalences, positive test results are more likely to be wrong than are
negative results, contrary to public health advice about SARS-CoV-2 testing."
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 24th, 2020 - 11:17 am
(Link)
Tie tiešām ir ļoti augsti dati. Parasti jau tā bija, ka testēja tikai simptomātiskos, un tad tas procents turp vai šurp nav tik nozīmīgs. Bet ja tagad testē visus pēc kārtas, tad gan šķiet svarīgi. Vai nu tagad testi ir daudz precīzāki, vai arī kaut kas nav labi. Gribētos saņemt labāku skaidrojumu par šo no atbildīgajiem.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 24th, 2020 - 11:20 am
(Link)
"Gribētos saņemt labāku skaidrojumu par šo no atbildīgajiem."

Jā - bet ir ļoti grūti, jo situācija ir ļoti politizēta.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 24th, 2020 - 11:21 am
(Link)
jo vairāk testi = vairāk 'cases'= vairāk lockdown politiku.
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 24th, 2020 - 11:36 am
(Link)
Jā, interesanti, ka mirstība ir krietni mazāka, lai gan cases pieaug.

Protams, varbūt tas ir tāpēc, ka tagad ir labāka ārstēšana, vairāk slimo ir jaunāki cilvēki ar mazāku risku utt. Bet kaut kā ļoti maz precīzas analīzes presē. Laikam jau vairums nav spējīgi neko tādu izanalizēt.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 24th, 2020 - 12:13 pm
(Link)
'cases' nevienmēr nozīmē, ka cilvēks ir slims. Varbūt FP, varbūt bez simptomiem?

Varbūt vienīgā veida saprast šo situāciju būtu paņemt random sample - teiksim 10,000 cilvēki, un notestēt viņus divas reizes. Tad sāktu saprast to, kas varētu būt to FP% realitātē.

Varētu atkartot to pašu uz 10,000 cilvēkiem, kuriem ir simptomi, lai salidzinātu.

Patlaban nav iespējams neko saprast - varam tikai skatīties uz mirstība, kas anglija ir ap 20 dienā, kas ir gandrīz nekas (no aptuveni 70,000,000).
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 24th, 2020 - 12:27 pm
(Link)
Tāpēc jau laikam operation moonshot atcēla, jo false positives dēļ tas radītu tikai satraukumus.
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 24th, 2020 - 12:55 pm
(Link)
Ja palasa https://en.wikipedia.org/wiki/Operation_Moonshot, tad tiešām lielākā kritika ir par FPR un to, ka programmas veidošanā pat nav pieaicināti speciālisti.
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 24th, 2020 - 11:29 am
(Link)
Tas, ka Chaj tik ātri steidzās aizstāvēt autoritātes, šķiet ļoti pamācoši. Politiķiem šobrīd apkārt ir vieni vienīgi yes-men, tāpēc viņi absolūti nav spējīgi izlabot savas kļūdas. Tāpēc visi pasākumi (izņemot Zviedriju) ir tik absurdi un pretrunīgi, jo ir balstīti uz neinformētu cilvēku lēmumiem.
[User Picture]
From:[info]brookings
Date:September 24th, 2020 - 08:13 pm
(Link)
šodien UK 6,634 cases no ap 189,000 testiem = 3.5%

Esot info no Irijas ka FPR = 0.8% (jāparbauda), kas nozīmē, ka FP varētu būt 1,350: izklausās, ticāms
[User Picture]
From:[info]extranjero
Date:September 24th, 2020 - 05:01 pm
(Link)