Human is the awkward liminal phase between animal and machine

1324 1103

Pagājušajā septembrī sāktā Neuralink klīniskā izmēģinājumu programma dod rezultātus, pirmā implantācija pacientam ir noritējusi sekmīgi. Gaidām publikāciju/tehnisko raportu.

Progress is good, and the patient seems to have made a full recovery, with no ill effects that we are aware of. Patient is able to move a mouse around the screen by just thinking.

https://pixeldrain.com/api/file/KNxChFMj

https://www.youtube.com/watch?v=F-LZ7GYFGrs

24124 2345

Gēnu terapija beidzot ienāk medicīnas praksē.

https://edition.cnn.com/2024/01/16/health/crispr-casgevy-beta-thalassemia/index.html

https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-approves-first-gene-therapies-treat-patients-sickle-cell-disease

10923 1611

Pārmaiņai pēc asenizācijas pasākumiem (AUC = 0.9996, precision = 0.9964, recall = 0.9933 no pusstundā uzcepta perceptrona pie randomas draņķības atpazīšanas uzdevuma ir good enough to prove my point un vairāk ievērības par to, ko dirsiens gēnu un baitu dīķī ir pelnījis anyway) un vilšanos sagādājušiem supravadītāju pētījumiem, laikam jāieposto kaut ko pozitīvu.

Par spīti vairākiem izgāzušamies agrīniem un pārsteidzīgiem startapiem, heterohronās parabiozes (asiņu transfūzijas no jauna organisma vecam) metodika novecošanas revertēšanai ne tikai turpina darboties, bet turpina parādīties jauni mehānistiski modeļi attiecīgā organisma atjaunošanās (somatiskas un kognitīvas, kas ļoti priecē) procesa izskaidrošanai! Šoreiz prožektora gaismā ir trombocītu atvasinātais augšanas faktors PF4 (kind of negaidīti, aktīva reģeneratīva funkcija no trombocītiem?) kombinācijā ar CXCR3 receptoru.

Pagaidām viss labums, kā parasti, tiek tikai pelēm, bet, ja lietas pa šo līniju turpinās notikt, paredzamā nākotnē var cerēt uz pirmo E. Batorijas vārdā nosaukto rejuvenācijas klīniku. :D

10322 2308

Kad komentēju, ka “viss jau ir sanācis”, es to domāju pilnā nopietnībā. Drīzumā sāksies R&D fāze mRNS vakcīnām pret 15 no pasaules bīstamākajām infekcijas slimībām [1], ieskaitot Ebolas drudzi un malāriju (pateicoties tehnoloģijas elastīgumam, mRNS vakcīnas var efektīvi izmantot plašam patogēnu spektram, neaprobežojoties tikai ar vīrusiem).

[1] https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/moderna-plots-vaccines-against-15-pathogens-with-future-pandemic-potential-2022-03-08/

24122 1555

Jautājums primāri ir domāts šeit atlikušajiem foldotājiem, bet aicināti izteikties ir visi, kuri saprot, par ko ir runa.

Par AlphaFold esmu jau rakstījis, bet šī tehnoloģija šobrīd ir tikpat iespaidīga, cik pirms gada un, visticamāk, tās potenciāls ne tuvu nav izsmelts vai pat pilnībā ieskicēts. Tās jauda un potenciāls pēdējā laikā ir licis mazliet aizdomāties par Folding@home iniciatīvas nākotni un perspektīvām. Personīgi uzskatu, ka tai joprojām ir pielietojums, bet, tajā pašā laikā, nav izslēgts, ka redzam šāda veida eksplicītas distributētās skaitļošanas projektu atvirzīšanos fonā, to vietā stājoties skaitļošanai uz masīvu neirālo tīklu bāzes, gan mākonī, gan, apritē ieejot dažādu veidu AI paātrinātāju aparatūrai, arī “uz malas”.

Poll #21519 Folding@home in the Time of AlphaFold
Open to: All, results viewable to: All

Vai AlphaFold realizācija padara Folding@home iniciatīvu bezjēdzīgu?

Permanento pacientu balsis droši neņemt vērā.

2921 1704

Tā, kā biedrs Lamināts ir nolēmis manus komentārus pie viņa ierakstiem nerādīt, atļaušos izteikt savu entuziasmu pie sevis (nu jau divus ierakstus pēc kārtas, bet tas ir tas līmenis). Sintētiskās bioloģijas un gēnu inženierijas jomā šobrīd notiek masīvs progress ar iespaidīgiem taustāmiem rezultātiem un vēl iespaidīgākām prognozēm.

It’s going to allow us to not just edit genomes but also, and importantly, to write a new code for life — we will have write-level permissions.

https://www.weforum.org/agenda/2021/04/global-technology-governance-summit-gtgs-future/

9721 1554

Kamēr vietējie ludīti un folijnieki izdod skaņas par lielo, ļauno gēnu terapiju vakcīnās (tā nav gēnu terapija), karavāna iet tālāk reāla gēnu terapija turpina uzņemt apgriezienus, pie tam ļoti daudzsološos virzienos.

New intranasal and injectable gene therapy for healthy life extension no BioViva grupas, datiem pagaidām jāpieiet ar zināmu piesardzību, jo rezultāti pagaidām nav replicēti citur, bet, ja tur “viss ir tīrs”, tad šis varētu būt proaktīvas pretnovecošanas terapijas starta moments. Kā mēdz teikt, huge if true.

22121 2355

Lieliskas ziņas — būtisks progress multiplās sklerozes mRNS vakcīnas virzienā, izstrādā BioNTech, Pfizer COVID-19 vakcīnas ražotāji. Pētījums uz pelēm [1] rāda visai daudzsološus rezultātus simptomu uzlabošanas un progresijas apturēšanas ziņā.

Man šķiet, ka te mēs redzam tikai pašu pieticīgāko mRNS vakcīnu tehnoloģijas sākumu, ar šo tehnoloģiju vakcīnas var ražot ātri un mRNS spēj kodēt praktiski patvaļīgas antivielas.

[1] https://science.sciencemag.org/content/371/6525/145.full

181220 2342

Ja cilvēks vismaz dažos teikumos (bez špikošanas) nevar aprakstīt to, kas notiek šajā attēlā un kāda ir atšķirība starp abiem attēlotajiem scenārijiem, tad padomāt divreiz, vai ņemt vērā viņa viedokli par COVID-19 vakcīnām un par vakcināciju kā tādu (h/t Dr. D. Isarova).

41220 1427 : A new kind of science

Mākslīgā intelekta sistēmu sasniegumi šahā un go spēlē un pat tekstu sastādīšanā ir burtiski rotaļāšanās, salīdzinot ar AlphaFold.

Seno un līdz šim (par spīti visām Folding@home un citu iniciatīvu cienījamajām pūlēm) neatrisināto proteīnu locīšanas jeb strukturālo motīvu problēmu var uzskatīt par atrisinātu. Šāda sasnieguma nozīmi un tālejošās sekas var bez pārspīlējumiem salīdzināt ar tranzistora izgudrošanu, tas ir viens no zinātnes vēstures un zinātniski tehnoloģiskā progresa pagrieziena punktiem.

https://deepmind.com/blog/article/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-grand-challenge-in-biology
https://www.sciencemag.org/news/2020/11/game-has-changed-ai-triumphs-solving-protein-structures
https://www.nature.com/articles/d41586-020-03348-4
https://www.economist.com/science-and-technology/2020/11/30/how-do-proteins-fold

211120 1231

The very idea of humans being some sort of natural concept is really going to change. Our bodies will be so high-tech, we won’t be able to really distinguish between what is natural and what is artificial.

— The Fourth Industrial Revolution promotional video, World Economic Forum, April 13, 2016

Darām, ko varam.

11920 1311

There are no cat and dog people, there are Toxoplasma gondii and Toxacara canis people.

30320 0236

CRISPR (gandrīz) bez PAMiem. Kolēģi ģenētiķi priecājas, es kā attiecīgās jomas nespeciālists arī pamanījos izlasīt, vispārējos vilcienos saprast un pievienojos – jebkas, kas padara šo tehnoloģiju ātrāku, vieglāku, lētāku, drošāku, versatilāku utt., ir ievērības cienīgs, jo pēc dekādēm ilgiem mēģinājumiem ar cinka pirkstu nukleāzēm, TALENiem u.c. CRISPR-Cas beidzot izskatās pēc tik ilgi gaidītā un ārkārtīgi vajadzīgā precīzijas gēnu rediģēšanas risinājuma.

Papīrs: https://science.sciencemag.org/content/early/2020/03/25/science.aba8853

7220 1059

Beidzot esmu aizdzīvojies līdz tam – tikko saņēmu savu pirmo uzaicinājumu piedalīties papīra (bioloģija/ML) peer review procesā.

Update:

9519 2238

It’s good to see mainstream science finally catching up with Herbert West’s work.

Restoration of brain circulation and cellular functions hours post-mortem

261118 1409

Don’t listen to the bioethicists, talk to the Chinese.

21518 0315

It kā sīkums (literatūras un metožu apskati nav paši lielākie un nopietnākie papīri pienesuma ziņā), bet tik un tā, patīkami.

( Update )

Man, protams, nebūtu iebildumu pret “great importance to the scientific community” daļu, pat, ja šoreiz tas šķiet nedaudz pārspīlēti. Tas ir darbs, kas mērāms pēdējā mēneša kafijā un beigtajos neironos, bet tik un tā, ne gluži nākotnes mācību grāmatu materiāls.

15218 0311

Ir iznācis pirmais 800 lpp. sējums [1] “Longevity Industry Landscape Overview 2017” [2] apskatā. Laika trūkuma un apjoma (un vismaz daļējas aprioras tēmas pazīstamības) dēļ droši vien šobrīd to tikai pāršķirstu kopā ar kopsavilkumu [3] un detalizētu analīzi atstāšu vēlākam laikam, bet kopaina ir skaidra: pirmo reizi zinātne un medicīna pret novecošanas procesu kā tādu (pretstatā atsevišķām to pavadošām vai no tā izrietošām patoloģijām) sāk attiekties kā pret novēršamu un ārstējamu parādību, un nepilnas desmitgades laikā šīs pūles no mazām konferencēm un vēstulēm ziņu grupās ir izaugušas par masīvu multidisciplināru R&D metaprojektu, kur gadā tiek ieguldīti miljardiem dolāru un miljoniem cilvēkstundu gan privātās iniciatīvās, gan valstu institūtos un laboratorijās visā pasaulē.

Pagaidām zināmā mērā pietrūkst koordinācijas un komunikācijas dažādo projektu un institūtu starpā, taču, ņemot vērā pasākuma apjomu un tā neilgo vēsturi un velkot paralēles ar attīstības gaitu citās jomās, prognozēju, ka tā ir pārejoša parādība.

[1] http://lir.website/pdfdata/pdf4.pdf
[2] http://longevity.international/longevity-industry-landscape-overview-2017
[3] https://singularityhub.com/2018/02/14/we-read-this-800-page-report-on-longevity-research-so-you-dont-have-to/

12218 2118

Gadījumā, ja nu kādam no mums vēl bija šaubas par to, ka kiberpanka žanrs no fikcijas ir kļuvis par status quo.

[1] https://techcrunch.com/2017/08/09/malicious-code-written-into-dna-infects-the-computer-that-reads-it/
[2] http://dnasec.cs.washington.edu/dnasec.pdf

17118 2115

The crossover between machine learning and CRISPR [1][2][3] was as inevitable as it will be impactful in the near future. Kind of surprising to see Microsoft pioneering this, though.

[1] https://gizmodo.com/microsoft-wants-to-use-artificial-intelligence-to-make-1821956922
[2] https://www.nature.com/articles/s41551-017-0178-6
[3] https://crispr.ml/