Folding@home raksts
Kamēr watt aktīvi meklē savos datos www.folding.lv saita failus, lai varētu šo saitu atkal pacelt, pateicoties ninlil tapis raksts, kuru ir ideja ievietot dažādos resursos, mēģinot popularizēt Folding@home Latvia.

Lūdzu vismaz šoreiz nenoslinkot un rakstu izlasīt, kā arī komentēt, kritizēt, pielabot, papildināt un piedāvāt savas idejas, viedokli, utt. Varbūt kas par daudz, varbūt kaut kas iztrūkst, varbūt kaut ko var labāk. Lūgtum izteikt savas idejas no jebkādas perspektīvas, pat tad, ja neesi komandas biedrs.

Vēl, varbūt nenāktu par ļaunu kāds moto, slogans. Un arī trāpīgs virsraksts. Katrā ziņā, šāds ir melnraksts un katram ir iespēja palīdzēt, lai gala versija sanāktu mazliet/krietni labāka. Nekautrēsimies!




Kādas zinātnes nākotne

Savulaik, aplūkojot kāda medicīnas jomā strādājoša radinieka fotoalbumu, bija vērojami ārsti un medmāsas augstās, baltās, cieši iestērķelētās cepurēs. Tagad šādas cepures vairs neizmanto, tās šķiet novecojušas, groteskas un labi, ja pielietojamas kādās filmās vai datorspēlēs ar šausmu elementiem un nomācošu atmosfēru. Šodien cepures ārstiem un medmāsām tiek izgatavotas no īpaša, viegla materiāla un ir vienreizējas lietošanas. Tāpat ir mainījušies arī medicīnā izmantojamie instrumenti - to dizains, materiāls, aparatūra, zāles.

Tas, cik šīs pārmaiņas ir straujas un labi pamanāmas – teiksim, septiņdesmitajos gados doma par to, ka varētu veikt ķirurģisku operāciju, kad ārstu no pacienta šķir vairāki desmiti kilometru, šķistu fantastika, bet tagad šādas operācijas jau ir veiksmīgi notikušas, liecina par to cik strauji un plaši attīstījusies zinātne. Jāpiezīmē, ka šis process turpina izvērsties un iegūst aizvien ātrākus tempus.

Tiesa, tādas lietas kā minētā operācija pieskaitāmas pašiem jaunākajiem zinātnes sasniegumiem un pagaidām netiek plaši izmantotas. Taču, var minēt arī mūsu ikdienai tuvākus piemērus – lapraskopiskās operācijas, kur, lai izņemtu nierakmeņus vai veiktu citas cilvēka veselībai un dzīvībai nepieciešamas darbības, vairs nav vajadzības nepieciešamības izdarīt plašus griezumus vēdera dobumā – pietiek ar pavisam maziem griezumiem, īpašu videokameru un ekrānu, kurā operācijas laikā skatās ārsts.

Ar nierakmeņiem, kādu kuņģa vai zarnu kaiti varam saslimt mēs katrs un domājams, ka katram ir kāds draugs vai radinieks, kas no tā arī cietis. Tieši tas pats attiecas arī uz nepatīkamākām slimībām un parādībām – tādām kā Alcheimera slimība, Parkinsona slimība, vēzis un AIDS, kuras vēl aizvien grūti padodas ārstēšanai un kurām nav piemērotu, efektīvu zāļu.

Protams, ja vien neesam ārsti, izgudrotāji vai citi atbilstošas nozares speciālisti, mēs nevaram ņemt rokā skalpeli, lai kādu operētu, izgudrot jaunu ķirurģisku instrumentu vai jebkādā citā veidā piedalīties, lai pētītu cilvēka organismu, cīnītos ar šīm slimībām un saslimšanām, bojājumiem un to raisītajām sekām.

Taču, bioloģija, ķīmija, fizika un to apakšnozares mūsdienās ir attīstījušās tik tālu, lai, ņemot palīgā datoru un dažādas programmas, spētu gan simulēt organismā notiekošos procesus pat šūnas līmenī, gan laboratorijās modelētu jaunas zāles. Palīdzēt atrast līdzekļus pret Alcheimeru, Parkinsonu, vēzi un citām saslimšanām varam arī mēs katrs pats – tik vien kā izmantojot savu mājas datoru un piedaloties projektā Folding@home.

Kas ir Folding@home? Folding@home ir zinātniski pētniecisks projekts, ko 2000. gadā uzsāka Stenfordas universitātes (ASV) ķīmijas un strukturālās bioloģijas fakultātes profesors Vīdžejs Pande (Vijay S. Pande) un viņa izveidotā zinātnieku grupa ar mērķi noskaidrot procesus, kas notiek olbaltumvielu (proteīnu) formēšanās laikā organismā.

Olbaltumvielas ir lielmolekulāri veidojumi, kas ir ādas, skrimšļu, asinsķermenīšu un kaulaudu pamatā kā arī būtiska citu audu un ikvienas šūnas sastāvdaļa. Fermenti, kurus satur olbaltumvielas ir visu bioķīmisko reakciju katalizatori (virzošie spēki), pateicoties kuriem darbojas visa bioloģija. Tāpat olbaltumvielas (kā organisma izstrādātas antivielas) ir atbildīgas arī par imūnsistēmas darbību.

Pirms olbaltumvielas sāk "strādāt" (kā antiķermenīši vai fermenti) un veic kādu funkciju organismā, tām ir jāieņem noteikta forma – jāizveido telpiska struktūra, kādā tās sākotnēji nepastāv. Olbaltumvielas var pielīdzināt mazām mašīnām, kurām, lai sāktu darboties, vispirms jānoformējas, jāpašsavācas pēc DNS ierakstītas programmas. No šejienes apzīmējums "folding" – savākšanās.

Noskaidrots, ka minētās slimības – tādas kā Alcheimera slimība, govju trakumsērga, vēzis un citas saistītas ar šo olbaltumvielu "nepareizu" savākšanos. Uzzinot kā tieši tā notiek būtu iespējams piemērot atbilstošu zāļu dizainu vai arī konstruēt mazas pašām olbaltumvielām līdzīgas mašīnas, kas vajadzības gadījumā varētu veikt to vai citu darbību organismā.

Folding@home ir izstrādājuši programmu, kura uz datora simulē šo olbaltumvielu strukturēšanos. Datu ir ļoti daudz, jo olbaltumvielas ir ļoti sarežģītas un to ir daudz, tāpēc darba apjoms ir milzīgs. Process, kurš organismā notiek sekundes miljonajās daļās uz datora var ilgt dienas. Tādējādi, ar vienu vai pāris datoriem, lai cik superjaudīgi tie arī nebūtu, ir nepietiekmi, lai projekts būtu veiksmīgs un nonāktu pie pielietojamiem rezultātiem.

Folding@home šo problēmu risina ieviešot t.s. dalīto skaitļošanu (distributed computing), kur kopējais datu apjoms tiek sadalīts mazākās vienībās, nosūtīts katram atsevišķajam lietotājam, tad apstrādāts un apstrādes laikā iegūtie rezultāti nosūtīti atpakaļ uz Stenfordas universitāti. Līdz šim šādā ceļā iegūta nozīmīga informācija, par kuru publicēti vairāki desmiti rakstu un pētījumu nopietnos, starptautiski atzītos zinātnes žurnālos. Projektā piedalās gan atsevišķi lietotāji gan komandas no visas pasaules, un, kā saka profesors Pande, citādā veidā izsekot olbaltumvielu strukturēšanās procesiem nemaz nebūtu iespējams.

Piedalies arī Tu! Lai piedalītos projektā nepieciešams tik vien kā dators un internets. Sava Folding@home komanda ir arī Latvijai – www.folding.lv, kur iespējams lejuplādēt Folding@home programmu un pievienot to savam datoram. Programma izmanto brīvo (lieko) datora jaudu, līdz ar to tā nekavē un netraucē citu programmu darbību. Uzklikšķinot uz programmas ikonas var redzēt tās konkrētās molekulas atveidojumu, ar ko dators pašreiz strādā, iespējams apskatīt padarītā daudzumu un cik vēl atlicis līdz dotās vienības apstrādes pabeigšanai.

Instalējot uz sava datora Folding@home, Tu piedalies liela mēroga zinātniskā projektā ar pretenziju ne tikai izprast noteiktas bioloģijas problēmas vai veicināt pašu zinātni, bet arī palīdzēt atrast zāles pret vairākām nopietnām slimībām – tādām kā Alcheimera slimība, Parkinsona slimība, vēzis un citas, pat ja tu neesi speciālists bioloģijā, farmakoloģijā vai medicīnā un tevi neinteresē zinātne. Un, kā ir teicis kāds Folding@home lietotājs – vismaz vientuļos ziemas vakaros varēs skatīties kā skrien cipariņi, kuriem it kā esot kāda jēga. Jēga noteikti ir.

* * *

Latvijas komandas nr. 41587

Uzzināt vairāk par projektu un programmas instalēšanu: Folding@home Latvia FAQ

Apmeklē:
Folding@home Skype čats
Folding@home Latvia blogs