Trickzter (suic) rakstīja folding_at_home kopienā, @ 2007-05-18 18:18:00 |
|
|||
Kas tad ir mūsu genoms? Mūsu genoms ir 46 hromosomas, kopsummā divi metri dezoksiribonukleīnskābes jeb DNS katrā šūnā. Tas ir vairāk nekā trīs miljardi DNS subvienību, ko saucam par nukleotīdiem, precīzāk, četru veidu nukleotīdiem - A, T, C un G, tiem atkārtojoties dažādās kombinācijās 3,2 miljardu reižu. Varat iedomāties informācijas apjomu šādā milzīgā DNS molekulā, kurā var ierakstīt informāciju gandrīz par visu Visumu. Informācijas potenciāls šādam pieraksta veidam ar četriem burtiem - nukleotīdiem - ir gandrīz bezgalīgs, ja ņem vērā DNS saturu dzīvā šūnā. Līdz šim mēs izmantojam tikai niecīgu daļu no šā informācijas potenciāla. Un, kā jūs zināt, informācija ir vērsta uz to, lai nodrošinātu saskaņotu darbības mehānismu - proteīnus, dažādas citas dzīvās šūnas struktūras un to mijiedarbību. Informācija pati ir mirusi, tā tiek realizēta, lai īstenotu dzīvības procesus. To veic galvenokārt attiecīgie proteīni, mazliet arī nukleīnskābes, bet visvairāk proteīni, kuri, pēc aptuveniem datiem, cilvēkam varētu būt ap 30000. Līdz ar to 30000 gēnu. Bet, kā jūs redzēsiet, tas vēl nepavisam nav galīgais skaits.
Šādas ir mūsu hromosomas. Šeit tās ir redzamas miljoniem reižu palielinātas. Redziet, kādas tās izskatās; tās ir īpaši iekrāsotas ar speciālu krāsvielu. Katrā šādā hromosomā ir desmitiem un simtiem miljonu gara nukleotīdu ķēdīte. Cilvēkam ir 24 hromosomas jeb 24 hromosomu pāri. Te tās ir: no 1 līdz 22 un vēl dzimumhromosomas X un Y. To jau tagad zina gandrīz vai katrs: sievietei ir XX hromosomu pāris, vīriešiem - XY.
Cik liels tad ir mūsu genoms? Es jau teicu - 3,2 miljardi nukleotīdu, bet - salīdzinot ar citiem? Šeit, piemēram, redzama rauga hromosoma - tikai 12 miljonu nukleotīdu. Primitīvs tārps - 97 miljoni. Augļu mušiņa - jau 116 miljoni. Augs - necila zālīte - 92 miljoni. Tālāk nāk cilvēks ar saviem 3,2 miljardiem. Šeit ir pierakstīts 2,7 miljardi - tas ir noteikts brīdī, kad palikuši vēl aptuveni 500 miljoni nepilnīgi noteiktu struktūru. Te ir redzams procents, cik pilnīga ir noteiktā struktūra visos šajos genomos. Tātad mēs esam daudz komplicētāki, nukleīnskābe mums ir garāka, nukleotīdu mums ir vairāk nekā primitīvām būtnēm. Taču tas vēl neko nenozīmē attiecībā uz šā genoma informācijas saturu.
Cilvēka genomā izšķir divas daļas - tā saucamo eihromatīnu un heterohromatīnu. Heterohromatīna ir aptuveni 8%; 92% ir eihromatīna. Eihromatīnā ir iekodēta informācija par gēniem, par to darbības principiem - kā šūnas dzīvo, kā dzīvojam mēs, kas mūsos notiek. Heterohromatīns ir noslēpumains, gēnu tur nav, tam arī ir kāda funkcija - šo to mēs par to zinām, bet pagaidām visai maz. Taču pat eihromatīns satur tikai mazāk par pusi unikālas, vienreizīgas nukleotīdu sekvences, kas nes informāciju par dzīvības procesiem. Vairāk nekā 50% ir tā saucamie atkārtojumi, kas atkārtojas miljoniem reižu. Pusi no tiem mēs vēl neprotam lasīt, un, pēc daudzu zinātnieku domām, tie vispār neko nekodē, tie ir lieki, tāpēc bieži vien parādās apzīmējums "egoistiskā DNS" jeb "selfish DNA". Tas nozīmē, ka tā kalpo tikai sev.
Kādā veidā tad tika atklāta DNS struktūra cilvēka genomā? Ir divi zinātnieki, divu projektu lokomotīves: Ēriks Landers, kurš bija viens no galvenajiem vadītājiem un izpildītājiem ASV valsts genoma programmā, un Kreigs Venters, kurš atšķēlās no valsts programmas, nodibinot savu firmu kopā ar pamatīgām gigantu firmām, kas deva viņam milzu naudu, un izveidoja firmu "Celera". Un kopš tā brīža šīs abas kompānijas savstarpēji konkurēja: privātais kapitāls ar valsts programmu. Taču viņi bija tik gudri, ka nolēma publicēties reizē, viens no tiem - valsts programma - tika publicēts žurnālā "Nature", otrs - tajā pašā dienā - žurnālā "Science". Viņi atšķīrās ne tikai ar to, ka vienu finansēja valsts, otru - privātais kapitāls, bet arī ar savu stratēģiju. Divi cilvēki un divas stratēģijas. Kreigs Venters sākumā postulēja vienkāršu stratēģiju. Ņemt DNS, lūk, šeit ir šīs hromosomas, iegūt DNS, visus trīs miljardus, sašķelt to ar fermentiem vai kā citādi miljardos fragmentu, tā saucamā "shot gun" programma - "shot gun" ir šaušana ar skrotīm. Tātad sašķeļ statistiski milzīgā daudzumā fragmentu, pēc tam šos fragmentus klonē noteiktos vektoros, katru fragmentu ievietojot savā noteiktā vektorā, katru vektoru ieliekot savā šūnā, vienkāršā baktēriju šūnā, izsēj un iegūst miljardiem koloniju, ko veido individuālas baktērijas, kas katra satur šādu rekombinantu DNS ar ieslēgtiem cilvēka genoma fragmentiem. Tad no katra klona izolē DNS un nosaka klonētā fragmenta struktūru. Primitīva līdz neiedomājamībai. Bet - kādā veidā rekonstruēt pilna genoma struktūru, kad ir zināmi tikai atsevišķi tā gabaliņi? Kā salikt kopā gabaliņus? Tas jau ir milzīgs superkompjūteru darbs. Tur strādā superkompjūteri, kādu mums nav un droši vien tik drīz nebūs. Un arī tie netika galā.
Vajadzēja vērsties pēc palīdzības pie valsts programmas, kura kopš paša sākuma strādāja fundamentāli, pamatīgi, gari, ilgi un samērā arī rezultatīvi. Pēc šīs stratēģijas vispirms katru hromosomu kartēja: ieguva hromosomu kartes, kur bija aptuveni zināms, kādā secībā jau zināmie gēni izvietoti hromosomā. Pēc tam sašķēla šo kartēto hromosomu lielākos gabalos, katru no tiem ar to pašu "shot gun" metodi sašķēla sīkākos gabaliņos un noteica DNS struktūru. No tiem rekonstruēja lielo hromosomas fragmentu struktūru, no tiem savukārt - veselas hromosomas struktūru. Faktiski cilvēka genoma struktūru Kreigs Venters viens pats bez Ērika Landera un Frensisa Kolinsa, kas ir cilvēka genoma valsts programmas oficiālais vadītājs, nebūtu varējis atšifrēt. Tomēr viņš bija tā lokomotīve, kas būtiski paātrināja genoma programmu. Sākumā cilvēka genoma programma bija plānota tā, ka tikai 2020.-2030. gada genoms varētu tikt atšifrēts. Pateicoties šai konkurencei un papildu kapitālam, izdevās šo programmu paātrināt. Genoma struktūra galvenajos vilcienos tika atšifrēta jau 2001. gadā.
Genoma struktūras noteikšana notiek kā fabrikā: tur neredz daudz zinātnieku, kas čakli strādā, gudri spriež un analizē datus. Tie ir DNS sekvenēšanas automāti, kas strādā. Es biju vienā šādā "fabrikā" - ne pie Kreiga Ventera, bet Freda Sangera centrā netālu no Kembridžas, Hingstonā, kur ir tāpat: neviena cilvēka, rindā stāv kāds simts automātu, kas nosaka nukleotīdu secību. Uz šā centra durvīm ir tāds skrejošs spuldzīšu displejs, kas parāda, cik nukleotīdu katrā minūtē ir šajā centrā noteikti. Pat ne minūtē, skaits mainās ik pa 10-20 sekundēm. Katru dienu tiek noteikta aptuveni 50 miljonu nukleotīdu secība. Ne tikai cilvēka genomā, bet arī citos genomos. Un tad ir milzīgs "software" un "hardware" - kompjūteri, kas vada šīs mašīnas, un viss notiek automātiski. Šur tur parādās arī kāds cilvēks - tiešām šur tur, es pat brīnījos. Tas ir, ja viss labi strādā; ja kaut kas notiek, tad jau parādās vairāk cilvēku. Bet, ja viss ir kārtībā, tad ir tikai kāds operators, kas pārbauda, dod kādas papildu komandas, un tas arī viss.
Vai cilvēka genoms ir pabeigts? Es jau pašā sākumā teicu: ne īsti. Eihromatīna sekvence ir tā svarīgākā; heterohromatīns vispār nav atšifrēts. Bet pat iehromatīna sekvence ir pabeigta tikai par 90-94%. Zināmi aptuveni 2,7 miljardi nukleotīdu. Un pat tajā secībā, kas pabeigta, ir aptuveni 100000 pārtraukumu. Faktiski pilnu secību sagaidām ap 2003. gadu - nav jau daudz palicis.
Ja genoma struktūra noskaidrota, ko tālāk? Freds Sangers ir divkāršs Nobela prēmijas laureāts. Pirmo Nobela prēmiju viņš saņēma par proteīnu struktūras noteikšanu, otro - par DNS struktūras noteikšanas metodi. Būtībā DNS struktūras noteikšana balstās uz šā cilvēka izstrādāto metodi septiņdesmito gadu sākumā. Ko viņš saka par cilvēka genomu? Viņaprāt, genoms ir līdzīgs grāmatai svešā valodā, ko mēs nesaprotam. Un tagad mums ir jāatšifrē šī valoda, lai varētu izlasīt dzīvības grāmatu - šīs četru burtu kombinācijas un secības. Sidnejs Brenners - arī ļoti pazīstams zinātnieks, viens no molekulārbioloģijas pamatlicējiem - apgalvo, ka cilvēka genoma struktūras atšifrēšanu un saprašanu var salīdzināt ar Mēness misiju. Aizsūtīt cilvēku uz Mēnesi ir viegli, bet dabūt atpakaļ - grūti. Viņš saka: vajag dabūt atpakaļ - piespiest genomu strādāt, saprast to un izmantot. To jau šie zinātnes pīlāri ļoti labi saprot, ka genoma struktūras atšifrēšana ir tikai sākums. No aptuveni 30000 gēniem (pēc valsts programmas pētījuma 31000, pēc Celera - 39000) mēs zinām tikai labi, ja 10000, par pārējiem 25000 nezinām gandrīz neko. Zinām tikai, ka tie varētu būt gēni, bet to funkcijas nav zināmas.
Kā tad mēs izskatāmies, salīdzinot ar citām dzīvām būtnēm? Genoma lieluma ziņā viss ir kārtībā. Rauga sēnītes genoms ir tikai 0,5% no cilvēka genoma. Primitīvam tārpam ir tikai 3% no cilvēka genoma, ja salīdzinām nukleotīdu skaitu genomā. Taču gēnu skaita ziņā ir pārsteidzoša līdzība. Pat raugam - vienšūnim - ir jau 19% no šiem mūsu 30000 gēnu, un primitīvais tārps satur jau 65% no cilvēka gēnu skaita. Tārpam tātad ir gandrīz tikpat daudz gēnu - vairāk par pusi - kā cilvēkam. Protams, tie ir citi gēni, bet skaits līdzīgs. Kā gan tas var iznākt? Mēs, cilvēki, evolūcijas kronis, esam gandrīz tikpat primitīvi, ar tikpat daudz gēniem kā primitīvais tārps. Kā mēs vispār varam to izskaidrot: tik milzīgi gara DNS, bet tik maz gēnu? Izrādās, ka genomā gēni ir ļoti izkliedēti. Jo sarežģītāks organisms, jo gēni ir izkliedētāki. Mūsu genomā tikai 25% aizņem gēni, 75% ir starpgēnu rajoni, par kuriem mēs gandrīz neko nezinām: kam tie kalpo, un vai tie vispār kaut kam kalpo. Gēnu vidējais izmērs ir diezgan liels - 27000 nukleotīdu, ir arī rekordisti, piemēram, distrofīna gēns - 2,5 miljoni nukleotīdu. Pēdējais ir saistīts ar muskuļu distrofiju, defekts šajā gēnā izsauc iedzimtu slimību. Taču gēni ir kā vientuļas saliņas nesaprotamajā genoma jūrā.
Bet ar to viss nebeidzas. Arī paši gēni nav tik vienkārši. Izrādās, ka gēni ir fragmentēti. Lūk, šie zilie gabaliņi ir tā saucamie eksoni, kas kodē kādu proteīnu, tātad nosaka proteīna struktūru. Starp tiem ir tā saucamie introni, kas neko nekodē. Es nerunāju par to, kāpēc tas tā ir. Bet fakts ir tāds, ka gēns ir it kā sadalīts sīkos gabaliņos un izstiepts pa ļoti garu DNS rajonu. Faktiski šie eksoni bieži ir ļoti īsi, bet introni ir daudz garāki. Eksoni aizņem tikai 4% gēnu struktūras. Tātad ne tikai gēni ir izkliedēti pa genomu, bet arī pats gēns ir fragmentēts, turklāt tā kodējošā daļa aizņem visai niecīgu daļu.
Kas tad ir pārējais? Izrādās, ka vairāk nekā 50% cilvēka genoma ir tā saucamās atkārtotās DNS sekvences, kuras nekodē nevienu proteīnu. Katrs atkārtojuma elements sastāv no dažiem nukleotīdiem, bet ir arī daudz garāki - līdz pat 10000. Katrs šāds elements genomā var atkārtoties 100000 vai pat miljoniem reižu. Tas ir dīvaini - kāpēc tāda atkārtošanās? Gēni taču neatkārtojas, tie sastopami divās kopijās, trijās, dažreiz tikai vienā. Bet kāpēc šie tik daudz reižu? Būtībā šie atkārtojumi ir radušies evolūcijas gaitā, pavairojoties un pārvietojoties pa genomu. Šī "egoistiskā DNS" vairojas līdzīgi vīrusiem, tikai šoreiz hromosomas sastāvā. Līdz ar to genoms kļūst lielāks un lielāks, taču gēnu vairāk nekļūst. Vienkārši palielinās liekās informācijas vai varbūt dezinformācijas daudzums. Tos sauc arī par mobiliem ģenētiskiem elementiem, kas spējīgi pārlēkt no vienas vietas uz otru, pavairot sevi, atstājot vecā vietā savu kopiju. Cilvēka genomā ir aptuveni trīs miljoni dažādu atkārtojumu. Bet interesanti, ka lielākā daļa no tiem - gandrīz visi - ir zaudējuši spēju pārvietoties. Faktiski tās ir fosilijas, atblāzmas no mūsu kādreizējās evolūcijas. Mēs esam kā muzejs, kurā esam saņēmuši visu to, kas mūsu evolūcijas gaitā ir uzkrājies. Genoms nav tik aktīvs, lai visu lieko izmestu ārā, un mēs to uzkrājam kā nevajadzīgu; būtībā tā ir tāda īsta genoma miskaste, no kuras mēs netiekam vaļā. Un mums jāiemācās ar to sadzīvot, ar ko esam tīri veiksmīgi tikuši galā.
Interesanti salīdzināt peles un cilvēka hromosomas. Katra cilvēka hromosoma šeit redzama savā krāsā, un tiek meklēta homoloģija ar peles hromosomām. Pirms vairāk nekā simts miljoniem gadu mūsu priekšteči atšķēlās no grauzējiem. Tāpēc interesanti ir paskatīties, kā ir pārkombinējušies sākotnējie gēni, salīdzinot cilvēka un peles genomus. Izrādās, ka cilvēka hromosomas atsevišķas daļas atrodamas vairākās peles hromosomās. Tas nozīmē, ka ir notikusi ne tikai gēnu un fragmentu pārceļošana no vienas vietas uz otru tajā pašā hromosomā, bet arī no vienas hromosomas uz otru. Notikusi būtiska gēnu pārkombinēšanās evolūcijas gaitā. Mēs varam pētīt peles un citus genomus, lai varētu saprast, kā esam attīstījušies ne tikai fenotipiski - pēc izskata un uzvedības, bet arī pēc genoma uzbūves.
Jūs jautāsiet, kāpēc ir vajadzīgi šādi mobili, lēkājoši elementi genoma sastāvā. Vai tad nevarēja no tiem atbrīvoties? Droši vien, ja būtu bijis vajadzīgs, varētu. Bet izrādās, ka šāda lēkājoša, mobila kustība genomā ir vajadzīga, lai pārkārtotu genomu, radītu jaunus gēnus un līdz ar to nodrošinātu evolūciju. Jo ar tīrām mutācijām vien evolūcija netiktu tālu: mēs vēl neatrastos tālu no vienšūnas organisma. Pateicoties šādai genoma mobilitātei, atsevišķu tā rajonu pārlēkšanai no vienas vietas uz otru, tiek radīti jauni gēni. Paņemot fragmentu no vienas hromosomas, citu - no otras, savietojot kopā kādā citā vietā, rodas jauni gēni. Lai tas notiktu spontāni, būtu jāgaida miljardiem gadu, kamēr nejauši kaut kas tāds varētu rasties. Bet evolūcija nevar ilgi gaidīt, tāpēc, šādā veidā pārkombinējot un selekcionējot gēnu variantus, tā notiek ātrāk. Tātad mums ir vajadzīgi šie mobilie ģenētiskie elementi, šie lēkājošie gēni, kas it kā mūs tikai traucē un bojā mūsu genomu, pavairojoties miljoniem reižu. Tās ir sekas, par to ir jāmaksā. Bet tas ir evolūcijas instruments.
Turpinām salīdzinājumu starp cilvēka un peles genomu. Grauzēju, arī peles, organismā genoms ir dinamisks. Daudzi aktīvi ģenētiski elementi, tostarp daudzi nevajadzīgi, tātad grauzēji, atrodas intensīvā attīstības periodā. Kaut kas no viņiem nākotnē iznāks - protams, pēc miljoniem gadu. Primātu, arī cilvēka, genoms ir inerts, nekustīgs, nespēj attīrīties no liekajiem elementiem, un aktīvu lēkājošu ģenētisku elementu ir ļoti maz. Tas satur ap 100 miljoniem gadu vecas fosilijas. No tā jautājums, vai "homo sapiens" ir evolūcijas strupceļš, galaprodukts? Var arī būt tā, bet uz to mēs drošu atbildi nevaram dot.
Uzreiz rodas jautājums, vai tad tiešām esam tik primitīvi, ka mums ir tikai par 40% vairāk gēnu nekā tam nožēlojamam tārpam? Izrādās, ka tik traki tomēr nav. Cilvēka gēni ir komplicētāki; ir sarežģītāka gēnu regulācija, arī proteīni ir sarežģītāki. Faktiski viena gēna rajonā var atrasties vairāki savstarpēji pārklājušies gēni; no viena DNS rajona var nolasīt informāciju par diviem, četriem, pat desmit proteīniem, to struktūru. Tātad mūsu genomā informācijas ir daudz vairāk, nekā šķiet no pirmā ieskata. Tā ir mūsu cerība, ka tomēr tik primitīvi neesam, un par to varam priecāties. Un vēl virkne citu faktoru, par kuriem es nerunāšu. Šeit attēlots piemērs, kā no viena DNS rajona var faktiski nolasīt divas atšķirīgas informācijas. Viens gēns, no kura izgriezti šie divi pelēkie segmenti un sašūti kopā pārējie, piemēram, kodē vienu proteīnu. No tā paša gēna, vēl izgriežot ārā šo zilo segmentu, mēs iegūstam citu proteīnu. Patlaban ir tāds ne sevišķi apstiprināts, tomēr lielā mērā valdošs uzskats, ka katrs cilvēka gēns spēj iekodēt vismaz 2-4 proteīnus, tātad mēs neesam tik primitīvi. Reālo gēnu skaits ir daudz lielāks par nosauktajiem 30 tūkstošiem.
Nu labi. Tik daudz mēs zinām par genomu, par gēniem. Bet gēnā notiek mutācijas, un genomā, protams, arī. Mutācijas izraisa slimības, to mēs tagad zinām. Pieņemsim, ka mums šeit kāda gēna sastāvā ir nukleotīdu secība, kas atbilst kāda proteīna struktūrai. Ja mēs nukleotīdu A mutācijas ceļā esam apmainījuši pret T vai C, mēs iegūstam mutantu. Šiem cilvēkiem proteīns nav normāls, jo pēc ģenētiskā koda tā ir pavisam cita proteīna struktūra. Tā var būt vairāk vai mazāk bīstama, bet tā ir mutācija, kaut kas nepareizs. Šeit ir cits piemērs: kādai cilvēka hromosomai parādīti tie gēni, kuros mutācijas spēj izsaukt dažādas slimības. Šīs bīstamās slimības un atbilstošie gēni ir kartēti - lokalizēti noteiktās hromosomas vietās. Taču vēl ir arī ļoti daudz nekartētu slimību, neatklātu gēnu. Šeit, piemēram, ir BRCA gēns, kas ir atbildīgs par sieviešu iedzimto krūts vēža formu. Ne visi krūts vēži ir iedzimti. Bet, ja kādai personai šajā BRCA gēnā ir mutācijas, tas nozīmē: ir liela varbūtība, ka šī persona saslims ar krūts vēzi. Šāda gēnu analīze ir iespējama arī Latvijā. Galvenais tuvākais uzdevums ir ar slimībām saistīto gēnu identificēšana, mutāciju lokalizēšana. Vairāki tūkstoši monogēno slimību, kuru pamatā ir viena gēna mutācijas, un daudzas tā saucamās poligēnās jeb multifaktoriālās slimības. Pēdējās saistītas ar vairākiem gēniem un vides faktoriem, to mijiedarbību, ko ir ļoti grūti noteikt. Tās ir nepatīkamākās slimības, piemēram, vēzis, sirds un asinsvadu slimības, Alcheimera slimība, diabēts utt. Ar tām vēl cilvēks netiek galā. Ar monogēnajām ir daudz vieglāk. Tātad frontālais uzdevums ir atrast sakarības, noteikt ne tikai kaut kādas gēna izmaiņas, mutācijas, bet atrast arī sakarību starp gēniem un patoloģiju, citiem vārdiem - sakarību starp genotipu un fenotipu.
Kā to dara? Ne jau visus gēnus mēs zinām un nezinām arī, kur tie atrodas. Taču bojātos gēnus var nomarķēt. Pieņemsim, šis ir slimību izraisošs gēns, tam noteikti apkārt ir kādas neko neizsakošas sīkas genoma izmaiņas, kas kādreiz iegūtas mutāciju gaitā un pārmantotas no paaudzes paaudzē. Pat, ja mēs nezinām, ka tām tuvumā ir kāds bojāts gēns, šīs sīkās genoma izmaiņas mēs varam identificēt un sekot, kā tās pāriet no vienas paaudzes uz otru. Tās varam uzskatīt par ērtiem genoma marķieriem, ja to novietojums genomā ir zināms. Ja kādam cilvēkam šie marķieri ir saistīti ar tuvumā esošu gēna bojājumu, tad, neanalizējot pašu, bieži vien neatpazīto gēnu, mēs varam skatīties, vai citiem slimniekiem arī atrodami šie marķieri. Jo ir ļoti liela varbūtība, ka tiek pārmantots viss hromosomas rajons, arī bojātais gēns. Protams, krustmijas gaitā marķieris no gēna var nodalīties: ne katrs cilvēks tos pārmanto kopā. Bet, ja abi atrodas tuvu viens otram, tad lielākoties kopā tiks pārmantoti nākamajās paaudzēs. Ja tā tas ir jūsu mātei vai tēvam, tad liela varbūtība jums pārmantot to pašu kombināciju. Tādējādi, pētot zināmus marķierus, var identificēt un lokalizēt hromosomā pašu bojāto gēnu, par kura eksistenci vēl neko nezinām.
Katrs no mums ir unikāla būtne, mēs neviens neesam simtprocentīgi identiski, katram genomā ir tikai mums raksturīgas izmaiņas, kuras varam saukt arī par mutācijām. Parasti gan tām nav nekādu seku, un mēs tās nejūtam. Taču ar šīm individuālajām izmaiņām mēs atšķiramies cits no cita. To sauc par genoma polimorfismu. Individuālās atšķirības sauc par polimorfisma marķieriem. Šos marķierus tad arī lieto gēnu atklāšanai, arī saistībā ar patoloģiju. Starp citu, genoma polimorfismu var izmantot personas identificēšanā un paternitātes noteikšanā. Visvienkāršākais ir viena nukleotīda polimorfisms: izmainīts viens nukleotīds, A pret C, C pret G u. tml. Tie ir tā saucamie "snipi" - SNP ("single nucleotide polymorphism"). Līdz šim identificēti aptuveni divi miljoni SNP, bet to kopskaits cilvēka genomā mērāms desmitos miljonu. Būtībā šie "snipi" ir mūsu vizītkarte, mūsu identifikācija. Reizēm arī mūsu nelaime - ja šīs izmaiņas ir svarīgā gēnā, tad tā jau ir slimību izraisoša mutācija. Protams, vairākums šo polimorfisma izmaiņu nav saistītas ar kādu slimību, bet daļa ir.
Genoma polimorfismu pētī visā pasaulē: meklē šos "snipus" un to, kādā veidā tos var asociēt ar kādu no gēniem. Līdz ar to var meklēt arī jaunus gēnus - tādus, kurus vēl nezinām, bet kas varētu būt saistīti ar kādu slimību. Negribu iedziļināties šā jautājuma detaļās, bet tagad pasaulē ir izsludināts jauns projekts, kurā grib kartēt visus polimorfisma marķierus cilvēka genomā un tad ar vērienīgu asociāciju analīzi pētīt, ar kādiem ar patoloģiju saistītiem gēniem var asociēt katru šo marķieri. Tā ir daudzmiljonu dolāru programma, ne mazāka par pašu cilvēka genoma programmu. Tai vajag miljoniem cilvēku un miljoniem "snipu", tāpēc arī šīs milzīgās izmaksas. Lai šo uzdevumu paveiktu paredzamā nākotnē, izmanto gēnu mikročipus. Tās ir struktūras, kas līdzīgi elektroniskajiem mikročipiem ir mikroskopiski mazas plāksnītes, kurām pievieno DNS zondes un skatās, kurš no analizējamā genoma parauga komponentiem saistās ar šo zondi. Un, tā kā izmanto luminiscējošas krāsvielas, var noteikt vietu, kurai piesaistījies šis luminiscējošais DNS fragmentiņš. Te ir mikrofotogrāfija, kas ir vienu milimetru liela. DNS zondes pievieno plāksnītei ar mikrolitogrāfisku metodi, un procesu analizē lāzeri, tādējādi panākot ātru un lētāku analīzi. Nākotne pieder šīm nanometodēm gēnu analīzē.
Protams, ir jautājums, vai ieguldītie miljoni atmaksāsies un kāpēc mums jāiegulda tik daudz līdzekļu, lai to visu noskaidrotu. Tam pamatā ir cieša saistība ar farmaceitisko industriju, jaunām zālēm: jauni gēni - jaunas zāles, jauni pētījumi. Proteomika, farmakogenomika un citas "omikas". Drīz redzēsim zāles, uz kurām rakstīts: šīs zāles lietot pacientam, kuram ir konkrēta modifikācija konkrētā gēnā. Pašlaik tādu zāļu nav. Bet tā ir nākotne. Tā ir tā saucamā individuālā terapija: katram pēc viņa gēnu struktūras, pēc viņa organisma un tā uzbūves tiek izrakstītas noteiktas zāles. ASV katru gadu nepareizas terapijas dēļ iet bojā 80000 cilvēku. Ne tāpēc, ka ārsti kļūdītos, nē, viņi dod pareizas zāles, bet šim cilvēkam šīs zāles rada pretējo efektu, ir kaitīgas. Mēs vēl nezinām, kāpēc tas notiek, un varam to atklāt tikai eksperimentu ceļā. Bet rīt tas būs citādi.
Līdzīga veida problēmu risinājums ir vajadzīgs arī Latvijai, jo mums arī ir cilvēki un zāles, un jāzina, kuram ko dot. Mums arī jāzina savi gēnu defekti, lai varētu laikus un ātri diagnosticēt slimības, lai varētu izvēlēties pareizo terapiju. Tie ir ļoti civilizēti un ārkārtīgi humāni mērķi. Tāpēc arī mēs, ne tikai kaut kur Rietumos, strādājam šajā ziņā; esam izvirzījuši līdzīgu projektu un ceram, ka valsts un sabiedrība to sapratīs.
Pieņemsim, ka viss ir skaidrs. Jūs zināt, kāds jums ir gēnu defekts, zināt, kas jums kaiš, un pat zināt, ka ar jums var notikt kaut kas nopietns. Bet kāds no tā visa labums? Labums ir tāds, ka, uzzinot to visu drīz, jūs varat izvēlēties pareizo terapiju un varbūt pagarināt savu dzīvi. Diemžēl tas nav pats efektīvākais līdzeklis, jo gēnu jau mainīt nevar, to izņemt nevar. Nākotnē - un nevis tālā, bet jau vistuvākajā - būs pieejama gēnu modifikācija, ko sauc par gēnu terapiju.
Tagad nedaudz par gēnu terapiju, kurā strādājam arī mēs - Latvijas Universitātes Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā. Tas ir molekulārās bioloģijas, gēnu inženierijas un genoma pētījumu centrs. Tātad - gēnu terapija, cik tālu tā iet, un ko mēs no tās varam sagaidīt. Gēnu terapija ir tāda medicīniska iejaukšanās, kad terapeitiskiem nolūkiem izmaina dzīvas šūnas ģenētisko materiālu, citiem vārdiem - koriģē gēnus. Ne vienmēr izgriežot veco un bojāto, aizvietojot to ar jaunu, bet pagaidām drīzāk pieliekot klāt pareizu gēnu. Vecais paliek, bet jaunais nāk klāt un kompensē vecā defektu. Gēnu terapijas pamatprincips ir šāds: ir gēns, kas ir kaut kur bojāts, bet, lai ievadītu jauno gēnu šūnas kodolā, to ir nepieciešams vispirms nogādāt pareizajā šūnā - nevis visās šūnās. Tam kalpo tā saucamie vektori - piegādes līdzekļi. Bieži vien tie ir vīrusi, arī vīrusu apvalki - proteīni, kurā ievietojam terapeitisko gēnu, radot mākslīgu vīrusu. Tad ar šo vīrusu vai vīrusveidīgo daļiņu apstrādājam mērķšūnu. Mērķšūna uzņem šo vīrusu, DNS, kuras sastāvā ir terapeitiskais gēns, nokļūst kodolā. Tālāk šis terapeitiskais gēns, brīvā stāvoklī vai iekļuvis šūnas genomā, kļūst aktīvs un nodrošina trūkstošā proteīna sintēzi. Tiek kompensēta bojātā gēna funkcija. Piemēram, cukura diabēta gadījumā bojātā gēna vietā strādā mākslīgi ievadītais veselais gēns. Protams, vislabāk būtu, ja varētu bojāto gēnu precīzi nomainīt, izņemt veco ārā un ielikt jaunu. Bet mums tas vēl neizdodas, tāpēc tas ir nākotnes projekts.
Gēnu terapija faktiski ir divu veidu: "ex vivo" un "in vivo". "Ex vivo" nozīmē, ka gēnus ievada šūnās, kuras iegūtas no tā paša pacienta, kam vajag ievadīt šo gēnu. Piemēram, paņem limfocītus, tos apstrādā "ex vivo" eksperimenta shēmā, ievadot jaunus gēnus, pēc tam šos limfocītus klonē, pārbauda, vai tie uzņēmuši attiecīgo gēnu un funkcionē normāli, un pēc tam ievada atpakaļ pašā organismā. Jūsu šūnas ir ģenētiski modificētas, un jūs tās saņemat atpakaļ. Otrs - "in vivo" - ir vienkāršāks: attiecīgo gēna preparātu injicē tieši pašam cilvēkam, parasti vēnā.
Kad tas viss pirmoreiz notika? 1990. gada 14. septembrī Frenks Andersons no Amerikas Veselības institūta veica pirmo atļauto gēnu terapijas procedūru ar četrus gadus vecu meitenīti, kam bija iedzimta smaga slimība - imūndeficīts. Bija bojāts adenozīna dezamināzes gēns, to ievadīja "ex vivo" variantā, tātad paņemot viņas šūnas, tās modificējot un ievadot atpakaļ. Panāca pozitīvu rezultātu: meitene ir vesela, normāla. Būtībā šī pirmā paciente ir atveseļojusies. Bet ne jau visi rezultāti ir tik labi. Jūs varbūt esat lasījuši par skandālu, kas izcēlās, kad viens cilvēks, brīvprātīgi pieteicies, dabūja gēnu dozu un aizgāja bojā; ne jau gēna dēļ, bet bija citi iemesli - ievadot šūnas atpakaļ, bija ļoti spēcīga alerģiskā jeb autoimūnā reakcija, organisms pats sevi nonāvēja. 100 cilvēkiem var nebūt nekas, bet viens cilvēks var uz to reaģēt. Tas ir individuāli, tāpēc ir nepieciešama individuālā terapija, par ko es runāju; ir jāievēro katra individuālās īpatnības, nepieciešama īpaša attieksme.
Kur šīs procedūras lieto? Monogēnām iedzimtām slimībām, kur var kompensēt bojāto gēnu. Onkoloģisko slimību gadījumā neko nekompensē, gluži otrādi - ievada nāves gēnu, kas slimās šūnas iznīcina. Būtībā ievada attiecīgu gēnu, kas tieši vai netieši iznīcina ļaundabīgās vēža šūnas. Ir dažādas metodes, bet tā jau ir iznīcināšana. Arī infekcijas slimībām, piemēram AIDS gadījumā. Ir vēl daudzas citas slimības - Alcheimera, Parkinsona un tā tālāk. Labvēlīga iznākuma gadījumu skaits jau sniedzas tūkstošos, lietojot gēnu terapiju monogēnām iedzimtām slimībām, onkoloģiskām, infekcijas un citām slimībām. Tas notiek galvenokārt ASV, bet arī Eiropā. Un nav tālu laiks, kad būs arī Latvijā. Bez gēnu izvēles svarīga ir arī vektoru - pārnesēju - izvēle. Es nestāstīšu sīkāk, tikai gribu pateikt, ka arī mēs kaut ko darām. Ir vīrusu vektori, kuru DNS daļēji aizvieto ar terapeitisko gēnu, arī liposomu vektori, kad lipīdu apvalkā ievieto DNS. Vai arī vīrusveida daļiņas - tukšas, proteīnu saturošas vīrusveida daļiņas, kurās ievieto terapeitisko gēnu. Šādu metodi izstrādā arī mūsu Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs. Te ir viena struktūra, ko esam atklājuši kopā ar Anglijas zinātniekiem. B hepatīta vīrusa iekšējā apvalkā varam ievietot DNS. Šāds apvalks satur tā saucamos pakošanas signālus - bez tiem DNS nevar ievietot iekšā, bet uz apvalka virsmas ir "adreses" - virsmas elementi, kas novada vīrusu uz vajadzīgo šūnu.
Nopūsties: