No IDEs nezinu vai to vispār var izdarīt.
Bet tā kā FreePascal izmanto gdb, tad konsolītē to var izdarīt.
Piemēram programma:

var i: integer;
begin
  while true do
    i :=(i+1) mod 100;
end.

Nokompilē Debug režīmā, tad palaid konsolē gdb.exe app.exe (gdb nāk līdzi fp). Palaid programmu "run", nospied Ctrl+C, kad tā ieciklējusies, un tad vari lietot gdb komandas, lai darītu, kas taev darāms. Piemēram izdrukāt mainīgā i vērtību - "print i", utt..