Folding@home vadītājs stāsta par sasniegto, pieminot jaunu datu apstrādes metožu ieviešanu un pārbaudi, darbu bioloģijas laukā un drīzumā gaidāmās zinātniskās publikācijas saistībā ar Alcheimeru, Hantingtonu u.c. Ilglaicīgā perspektīvā sola uztaisīt klientus (programmas) vieglāk instalējamas un ērtāk lietojamas, kā arī uzlabot projekta serverus u.c.


Long term vision for FAH: Science, clients, etc

It's been a while since I've posted on this topic, so I thought it would be a good time to talk about the long term vision for FAH. In the first few years, we have done a lot to build up methodology (novel distributed computing algorithms, tests of methods), especially in the last years working to bring GPU's, PS3's, and tightly coupled SMP calculations to a distributed computing platform. While all of this has been going on, there has been a lot of work which would have a direct impact to disease and human health, and donors should see more results (i.e. papers) coming out in this direction soon. In particular, results on Alzheimer's Disease, Huntington's Disease, and some other surprises in the works (sorry, some details are best left until peer review is done).
( ... tālāk ... )

Folding@home veltītajiem informācijas resursiem salīdzinoši nesen pievienojies Prof. Vijay Pande rakstītais blogs, kurā ik pa brīdim tiek iepostoti ar Folding@home tehnisko un zinātnisko pusi saistīti raksti. Pievienoju saiti folding_at_home komūnas kreisajā stabiņā.

5-jūn-2007
Ziņas par serveru uzlabošanu un īss sākotnējais paziņojums par jaunām iniciatīvām

Mēs esam uzstādījuši jaunus datorus, uzinstalējuši operētājsistēmas un šobrīd strādājam pie tā, lai tie gādātu par jaunām darba vienībām. Mēs uzsākam darbu pie virknes "100000 darbu superprojektiem", kas sadalīsies pa vairākiem atšķirīgiem projektu numuriem. Tāpat plānojam uzsākt darbu pie daudzām jaunām olbaltumvielām. Šobrīd apkopojam visu, ko esam uzzinājuši par metodes pilnveidošanu pēdējos 2-3 gados, lai veiktu būtisku izrāvienu programmatūras sakarā. Mēs sniegsim vairāk ziņu darba gaitā, bet esam priecīgi vienlaikus pielietot jaunus, teicamus rīkus (jaunus kodolus, jaunas analīzes metodes, grafiskos procesorus (GPU), Playstation 3 un SMP (Symmetrical MultiProcessing)), lai sasniegtu kopīgo mērķi. Mēs strādājam pie detalizētākas Bieži Uzdodamo Jautājumu (FAQ) sadaļas, kas šo visu atspoguļos sīkāk.

( original )

4-jūn-2007
Par savākšanas serveru uzlabojumiem

Mums ir jauns plāns kā rīkoties ar savākšanas serveriem. Tā vietā, lai būtu viens serveris visiem Folding@home projektiem, mums būs vairāki serveri (domājams, iesākumā 3-4). Tas palīdzēs novērst viena savākšanas servera smagu pārslodzi. Mēs jau esam uzstādījuši 2. savākšanas serveri un pārvirzām dažas jaunas darba vienības uz to. Ja viss būs labi, mēs uzstādīsim vēl citus. Procesi notiek lēnām, jo mums jāatjauno 64 bitu serveru dzelži. Tas noved pie dažām izmaiņām, kuras nepieciešams pārbaudīt pirms lielās savākšanas serveru palaišanas.

P.S. Pēdējā laikā dažkārt bija novērojamas problēmas ar darba vienību augšuplādēšanu. Izskatās, ka šobrīd lietas strauji virzās uz labo pusi.

( original )

Ar Alcheimera slimību saistīta gēna izslēgšana padarījusi laboratorijas peles gudrākas, apgalvo Teksasas dienvidrietumu medicīnas centra (Texas Southwestern Medical Center) zinātnieki. Pētījums sniedz jaunu ieskatu par mācīšanās procesiem un var vest pie jaunām zālēm pret atmiņas problēmām.

Pilns raksts: Globe and Mail

Katherine Bourzac
May 24, 2007.
Labāki olbaltumvielu attēli
Ultrajūtīga kodolmagnētiskās rezonanses zonde var palīdzēt diagnosticēt tādas slimības kā Alcheimers.

MIT (Massachusetts Institute of Technology) pētnieki būtiski palielinājuši kodolmagnētiskās rezonanses (NMR) spektroskopijas jūtīgumu. Uzlabota kodolmagnētiskā rezonanse var palīdzēt farmakoloģiskajām kompānijām ātri izsijāt iespējamo terapiju bibliotēkas. Kādu dienu tā var tikt pielietota, pārbaudot pacientus uz nenormālu olbaltumvielu klātbūtni, kas veidojas smadzenēs Alcheimera un Hantingtona slimību resultātā. Attēls: Yael Maguire Olbaltumvielu zonde: Šī kodolmagnētiskās rezonanses zonde, kas ir mazāka par kredītkarti, ievērojami palielina analītiskās tehnikas jūtīgumu. Zonde izmanto lētu, vienkāršu vara gabalu, kas līdzīgs mobilā tālruņa antenai. Pilns raksts: MIT Technology Review

Genoma saistību pētīšana - ātra, lēta nukleotīdu polimorfismu (SNP, lielu DNS segmentu) skenēšana, meklējot anomālijas, kas var padarīt cilvēkus uzņēmīgākus pret slimībām vai pat tieši ieslēgt tās - pēdējo mēnešu laikā uzrādījusi satriecošus rezultātus, spējot sasaistīt līdz šim neizpētītos ģenētiskos apgabalus ar tik ierastām slepkavām kā sirds slimības un diabēts.

Pilns raksts: The Boston Globe :: May 21, 2007

Pētnieki Hārvardas un Prinstonas universitātēs spēruši izšķirošu soli bioloģisko datoru izveidošanas virzienā. Sīkas implantējamas ierīces, kas spētu pārraudzīt šūnu raksturlielumus un tajās noritošos procesus. "Molekulārie ārsti" sastāv tikai no DNS, RNS un olbaltumvielām. To piegādātā informācija var revolucionizēt medicīnu, pievēršot terapiju tikai slimajām šūnām vai audiem.
( ... tālāk ... )